birmaga.ru
добавить свой файл

  1 2 3

Methanobacter thermoautotrophicus delta H

reg trpE trpG trpC trpF trpB-2 trpA trpD


aroC



tyrA



pheA
Methanosarcina mazei

trpC trpB trpA trpD trpF trpE trpG
Methanosarcina acetivorans

trpC trpB trpA trpD trpF trpE trpG


Pyrococcus abyssi

trpC trpD trpE trpG trpF* trpB-1 trpA





trpB-2


Рис. 8. Продолжение
Pyrococcus furiosus

trpC trpD trpE trpG trpF* trpB trpA




trpB-1

Thermoplasma acidophilum


trpA* trpD trpF* trpE trpG trpC



trpB


T.volcanium

trpA* trpD trpF trpE trpG trpC


trpB




H. salinarum
trpC trpB trpA


trpD1 trpF trpE1 trpG1

A.fulgidus


trpC,D trpE trpG trpF* trpB-2 trpA
trpB-1


F.acidarmanus
trpB trpA trpD

trpF trpE trpG trpC





Рис.8. Продолжение

Methanococcoides burtonii

trpB1


trpE


trpD

trpC trpB trpA




Поиск потенциальных сайтов связывания белка-регулятора
Используя матрицу, полученную на основании сайтов в геноме M. thermoautotrophicus, нам удалось обнаружить сигналы только в группе, содержащей организмы из рода Methanosarcina и Methanococcoides burtonii, причем сигнал не был обнаружен для M. barkeri. В геномах M. acetivorans и M. mazei потенциальные сайты связывания были найдены перед trp-опероном. С помощью выравнивания регуляторных областей перед данными оперонами, было показано, что сайты расположены в консервативной области, тогда как остальная часть данного межгенного участка является неконсервативной (Рис. 9). Помимо trp-оперона в геномах этих двух видов архей имеется второй ген trpB, перед которым не было обнаружено потенциальных сайтов. У Methanococcoides burtonii сайты были найдены перед всеми генами, отвечающими за синтез триптофана из хоризмата, кроме trpE. Все найденные сайты приведены в таблице 3.

Рис. 9. Выравнивание регуляторных областей перед trp-опероном у M. mazei и M. acetivorans. Найденный сигнал на выравнивании отмечен зеленым цветом. Инициаторные кодоны выделены курсивом и подчеркнуты. Обозначения: MA - M. acetivorans, MMZ - M. mazei.

MA|trpC ------------------------------------------------------------

MMZ|MM2823 AATTGGTCAGGCATTGTTATACGGGTCCATTTTTTACCCCTTTATTTCTACTGGAAAAAT

MA|trpC ---------------------------------------AATGTATGAACAAAATAAATT

MMZ|MM2823 TTAATACAGATTTTTTGTAATTTCAATTTTTGCCTTTAAAATTCATCAAACACCTGAAGA

*** ** ** * * **


MA|trpC TGTTTAATTCGGTTATTCTCATCCTACTGAA-GTTCATTTT-GTCTGTAGCCTTTTTAAC

MMZ|MM2823 TCAAAAGAAGTGTTTCCCATACTTGAGGGAATGTTCATCAGAGTCTATCAGTTTTT---C

* * *** * * * *** ****** **** * **** *
MA|trpC TCGGTTCCTGCAATCTTAAAGAATTTATGTGATGTTTTTGTGTGCTGGCTTTTTCTTC--

MMZ|MM2823 TCAAACTGCATGGCACGACAGCGTTTCTGTGTAGAAATGAACTGTCAGCGATTTCTTCAG

** * ** *** **** * * ** ** *******
MA|trpC --CGAATTTTATTTACAGGTATAAATATAAATAAAACTATTATTATT--TAATCCTCAAA

MMZ|MM2823 CCTGTACCCCGGCAGAACTGATAAATTTACTCAAAATCCGCAGAACTCTTAATCCGTCAC

* * * ****** ** **** * * * ****** *
MA|trpC ATTTTATAA---AATCAGCAACAGTTTATCCTCATCCAAAAGCTTTTTATAGCAAGTATG

MMZ|MM2823 TTCTAAGTGGTTACTTTTTAAACTCCTGTCATCATCCGAAATCTTTTTATATCAAGTACA

* * * * * ** * ** ****** *** ********* ******
MA|trpC GTATTAGACATTGTTGTACACAAATATACACCAGTGATGATTA----------

MMZ|MM2823 GCATTAGACATTGTTGTACACAACTATACGTCAGTGATTCATAATGCACGATT



* ********************* ***** ******* **


Табл. 3. Предполагамые сайты, найденные в регуляторных областях.


Организм

Оперон

Положение

Вес

Сайт

M. thermoautotrophicus

regulator

-8

7.50


TGTAtA-4-TGTACA

M. thermoautotrophicus

aroC

-86

5.65

gGTACA-5-cGTAtA

M. thermoautotrophicus

pheA

-71

6.62

TGgACA-5-gGTACA

M. thermoautotrophicus

trpB-1

-103

8.47

TGTACA-4-TGTACA

M. thermoautotrophicus

tyrA

-135

5.65

TGgACc-5-TGTtCA

M. thermoautotrophicus

trpEGCFB-2AD

-86

7.51

TGTACA-4-TaTACA

M.mazei

trpCGEFB

-48

8.98

aGTACA-4-TagACA-4-TGTACA

M.acetivorans


trpСGEFB

-38

8.97

TagACA-4-TGTACA-4-TaTACA

Methanococcoides burtonii


trpD

-7

9,95

TaTACA-4-TGTACA-4-TGTACA

Methanococcoides burtonii

trpCBA

-39

9,31

TGTACA-4-TaTACt-4-TGTACA

Methanococcoides burtonii

trpB-1

-91

5,68

TGTAat-4-TGTACA

Methanococcoides burtonii

trpB-1

-41

7,07

TcTACA-4-aGTACt-4-TGTgCA



<< предыдущая страница   следующая страница >>